目前，社会上乃至知识产权界不少人认为人体基因属于科学发现，肯定不能属于专利。其实，这其中存在有一定的误解。当然，人类基因组计划中，有一些基础研究工作例如对人类基因组图谱的测定和绘制，由于这仅仅是揭示了自然界的客观存在，无疑属于科学发现，不能授予专利权；然而，从客观存在的全长DNA序列中选择特定的片段，第一次用技术的手段将其分离出来或者克隆出来，使其显示出特有的应用价值，例如可以用来制备治疗某些疑难病症的生物药品，这就不再仅仅是科学发现，而是变成了改造客观世界的技术发明了。按照多数国家例如美国、欧洲、德国、日本等的作法，这种人体基因是可以依法授予专利权的。
这种作法实际上与专利法规对于其它天然物质的规定是一致的。仅仅发现了某一天然物质的存在属于科学发现，是不能授予专利权的；而通过技术手段第一次将其分离出来，改变了其存在状态或内部结构，从而使其显示出过去未曾显示的使用价值，就可以视为一项发明，就像许多天然药物化合物、从植物或动物中提取的中药成分或饮食品营养成分、从自然界筛选的微生物一样，可以依法授予专利权。
或许有人会说，仅仅改变物质的存在状态不能视为一项发明，因为这在技术上有时是很容易实现的。然而，与此相类似的组合物发明例如中药和饮食品发明等已经被人们普遍所接受，两者都是对物质存在状态的改变，其不同之处仅仅在于，天然物质是人们借助于技术手段将其从混合物状态分离出来变成单独存在的状态，而组合物发明则是将其从单独存在的状态借助于技术手段（例如机械混合）将其变成混合物状态，从而使其变成一种新的产品，其技术难度并无实质性的区别。从TRIPS协议关于对所有技术领域的发明都不得歧视的原则出发，也不能拒绝对这样的人体基因发明授予专利权。
另外，人们还有一种误解，以为人类只有一个基因组，理所当然地应当作为人类的共同财富，供全人类共享，一旦对其授予专利，就会阻碍科学技术的发展。其实，这是不太了解专利制度本身的作用造成的。换句话说，这也是专利制度建立初期关于是否要实行专利制度以及是否要实行市场经济的争论。发达国家上百年和我国十五年来实行专利制度的实践已经证明，专利制度不但不会阻碍科学技术的发展，而且还会大大促进科学技术的进步和创新。一方面，专利制度对花费了巨大投资进行风险性技术开发的发明创造者给予对市场一定时间的独占权，使其得到丰厚的回报，可以大大调动其技术创新的积极性，并能继续新的发明创造。否则，在现行的市场经济条件下，没有利益驱动和资金来源，不按市场经济的价值规律办事，仅靠科学家为全人类献身的精神，恐怕也难以有效地利用人类的这一共同财富来服务于人类。据美国一个著名的经济学家研究分析，如果没有专利保护，60％的药品发明不能研究出来，65％不会被利用；化学发明有38％不会研究出来，30％不会被利用。另一方面，由于专利法规定，即使某一技术获得专利，专为科学研究和实验目的而使用有关专利的，也不视为侵犯专利权。而且，专利制度促进了技术情报的提前公开，从而避免了大量低水平的重复研究，使得有限的科研资金可以得到合理的配置，全部用于研究开发新产品和新技术。世界知识产权组织的研究结果表明，在研究开发的各个阶段注意利用专利文献，不仅可以提高研究开发的起点，而且能够节约40％的科研开发经费和60％的研究开发时间。再者，专利制度本身就是市场经济的产物，因而遵循市场经济的价值规律，申请专利要缴费，不产业化就得不到回报，这就从根本上消除了计划经济体制下科研与生产脱节，科研人员只重论文不重市场，造成大量的研究资金白白浪费等弊端。因此，专利制度不但不会妨碍科学研究，而且有利于发明创造的推广应用和能够促进科学技术的发展，这也是专利法的立法宗旨所明确阐述的道理。至于基因资源的有限性，恐怕也不能成为提倡吃“大锅饭”而拒绝给予专利保护的理由，就像地球只有一个，但却不能因此就拒绝农民或企业家对土地具有一定期限的使用权一样。
